Ja in google.at werden ziemlich viele deutsche Shops mit Endung .de gelistet. Ob es da notwendig ist eine .at zu registrieren ist fraglich, obwohl ich denke es nicht schaden kann...
Wenn Du den DC nur auf der eigenen Domain hast - was sollte Guggel denn dagegen haben ? Dann werden halt nur ein paar Seiten indexiert und die doppelten fliegen raus