Wobei es Geschmackssache ist, ob man diese Subdomains gut findet. Ich denke immernoch, dass sie für den Durchschnittsnutzer schwer verständlich sind - nach dem Motto: Wo kommt ein Punkt, wo der Bindestrich und gehört da nicht immer ein "www" davor?
Stimmt es eigentlich (noch), dass Subdomains von Suchmaschnen als eigene Internetpräsenz gesehen werden?
Und zur zweiten Frage: Deine Internetpräsenz befindet sich praktisch gesehen auf der Festplatte des Servers in einem Ordner. In diesem Ordner kannst Du im Prinzip alles anstellen, was Du mit Ordnern auf der Festplatte Deines Rechners auch machst. Natürlich kannst Du auch alle Inhalte wegwerfen und neue hinlegen. Schlecht für die Suchmaschinenoptimierung ist dann nur, wenn sich alle Adressen der Inhalte ändern - ärgerlich auch für Leute, die Unterseiten von Dir verlinkt haben oder sich ein Lesezeichen gesetzt hatten. Die sollten dann entsprechend auf die neue Position (Adresse) des Inhalts umgeleitet werden ("Redirect", "Weiterleitung").
Zum Verständnis: Gemeint ist damit nur der Dateiname und der Pfad dorthin, also zum Beispiel
www.example.com/verzeichnis/datei.html
Was Du mit dem Layout anstellst, ist vollkommen egal. Nur wenn Du die Datei umbenennst oder verschiebst ist das wie gesagt etwas problematisch. Die Struktur der Seite solltest Du Dir also recht gut überlegen und möglichst nicht mehr ändern.