So, auch wenn ich mich hier schreibenderweise ja eigentlich verabschiedet hatte, aber bei meinem "Lieblingswort" muss ich mich dann doch mal kurz einklinken, zumal die Angaben so undifferenziert sind, dass Ursachenforschung da nicht grad einfach ist.
1. Meinst du mit der index.php die Startseite oder die Core-Datei index.php? Letzere beinhaltet ja selbst gar keinen HTML-Code und ist äußerst minimalistisch, also vermutlich ersteres. Also nur auf der Startseite? Oder meinst Du doch die nicht gerewriteten URLs mit Parameter?
2. Sollten wir erstmal klären, ob der Schadcode FTP-seitig oder datenbankseitig eingeschleust wurde. FTP-seitig wäre nämlich auch sowas hier möglich
https://drupal.org/node/509208 und hätte dann gar nichts mit Drupal an sich zu tun, sondern mit Deinem Rechner. Wenn ja FTP-seitig, wo steht er? In einer Template-Datei, wird er von einem Modul (eher unwahrscheinlich, da gucken auf drupal.org doch zu viele Leute drauf, wenn's kein gar zu exotisches mit 5 Installationen ist) generiert?
3. Wenn datenbankseitig, wo? Kann man ja in einem DB-Dump finden, so eine Stelle. In einem Block, Node, Kommentar? An Blocks hat normalerweise nur der Admin was verloren, es sei denn, die Berechtigungen sind anderes gesetzt, die wären dann aber zumindest per default auf allen Seiten zu finden. Unabhängig von der Berechtigung, die ein schreibender User hat, ist das Input-Format in der Tabelle node_revisions festgehalten im Feld format festgehalten, zur richtigen Zahl siehe Tabelle filter_formats, aber normalerweise ist Filtered HTML 1. Nur was darin steht, zählt letztlich beim Output, auch wenn im Textfeld nicht zugelassene Elemente drinstehen, die werden vor der Ausgabe gefiltert, nicht vor dem Eintragen in die Datenbank.
SQL-Injections sind bei Drupal recht unwahrscheinlich (außer man hat ein furchtbar unsauber gecodetes Modul), dafür wird zu viel geprüft und ohnehin werden die DB-Abfragen in einer Drupal-eigenen Abstraktionsschicht eingekapselt.
4. D6 oder D7?
5. Sollte es denn wirklich an einer Lücke in Drupal liegen, werden die Leutchen auf drupal.org sich sicherlich über einen Report freuen.