ABAKUS

dein php code wird serverseitig ausgeführt.
wenn der server richtig funktioniert, bekommt niemand deinen code zu sehen.
die requests vom bot sind identisch mit requests von usern. nur die interpretation des empfangenen markups ist unterschiedlich (kein javascript, css etc.).

ja, der iframe bleibt content der geframten seite.

PHP, ASP und Perl sind serverseitige Sprachen. Hier hat weder Google noch sonstwer ohne Zugriffrechte auf den Server kein Chance an den Quellcode zu kommen und kann ihn auch nicht lesen.

Der allerdings von diesen serverseitigen Sprachen erzeugte HTML-Code ist für Browser und Google sichtbar und wird also grundsätzlich mal indiziert.

In wie weit der Googlebot die Mögichkeit hat, JavaScript, was im Gegensatz zu den oben erwähnen Sprachen auf dem Client ausgeführt wird, auszuführen und das Ergebnis zu indizieren, da scheiden sich die Geister. Ich persönlich glaube jedoch nicht, daß der Googlebot viel von dem JavaScript ausführt. Er scheint lediglich zu schauen, ob er im Script irgendetwas findet, was wir eine URL aussieht und versucht diese dann zu indizieren.

Aus wievielen Dateien Du Deine Serverscripte zusammen setzt ist nach aussen hin nicht zu sehen und spielt deshalb für die Indizierung keine Rolle.

Wenn Du natürlich den Client per (i)Frame etwas von anderen Servern einbinden läßt, dann hilfts Du vielleicht dem Anbieter, aber nicht Deiner Seite.