na du hast doch mit jeder unterseite deine startseite "angelinkt" oder nicht? vielleicht noch deinen hauptkey mitgegeben. wenn dem so war kann es sein das deine seite "abgerutscht" ist. kann aber auch nur sein das die anderen besser optimieren als du.
eine webseite ist ohne ausreichend unterseiten keine starke domain mehr.
es ist schon besser einen 301er auf die startseite zu setzen, noch besser wäre es auf die neuen urls per 301 zu verweisen... ansonsten wieder content aufbauen und sich in geduld hegen.
ansonsten: gilt wenn kein content kann man auch nicht gefunden werden.
webby hier hat z.b. in den 404er eine kleine sitemap eingebaut.
so mal mein gebrabbel dazu.