... jedoch muss der kunde dann bei jeder neuanlage einer kategorie oder eines artikels die entsprechende eintragung in der .htaccess machen und das will ich einfach vermeiden.
das ist verständlich, der würde sich nämlich herzhaft bedanken!

allerdings gibt es ja genügend cms, die neue kategorien intern mit ids verarbeiten und nach extern glatte urls ausgeben können. aber das ist nebensächlich. wenn deinem kunden die ids in der url nichts ausmachen, dann lass sie drin. hört sich an, als sei das weniger arbeit.
die seite ist nun noch in mehrere sprachen vorhanden. ich habe hierfür nun folgende struktur gewählt (de/ebene1-id/beitrag-id.html) ist ja auch in ordnung (da weniger als drei ebenen, gell?
ja, es sind 2
sorgen bereitet mir noch ein wenig mein flyout-menü. hier ist es halt so das alle links des menüs, auch die von der ebene1, 2, 3 usw. bereits auf der ersten seite sichtbar sind. wäre es hier nicht besser die links der ebene1 erstmal auf nofollow zu setzen und einem klick auf die navi erst zu aktivieren?
also ich benutze flyout-menüs auf fast allen größeren kunden-seiten und nach meinen erfahrungen werden die von den benutzern sehr gut angenommen und das ist ein nicht unerheblicher punkt. damit ist schon mal ein großer teil seo erledigt, weil benutzer, die sich auf einer seite wohl fühlen, bekanntlicher maßen wieder zurück kommen.
zum technischen: auch hier habe ich mit flyouts bisher nur gute erfahrungen gemacht. die bots tummeln sich zu hauf am reich gedeckten link-tisch und fressen sich in den seiten fest. dadurch dauert es selten länger als einen tag, bis eine veränderung oder neuveröffentlichung gefunden wurde, was nicht heißen soll, dass die automatisch auf platz eins in den serps sind. der pr verteilt sich bisher fast ausschließlich hierarchisch nach der ebenenstruktur, soll z.b. heißen start pr5 -> ebene 1 pr4 -> ebene 2 pr3 ...
ich habe also keinen grund dir davon abzuraten.