Der Nachteil liegt darin, dass die Suchenden meißt .de oder .com als Ergebniss bevorzugen (anklicken). Das kann in richtig harten Bereichen und vor allem in Zukunft als Rankingfaktor das ausschlaggebende %chen sein, dass dich hinter die Konkurenz setzt.
Im Normalfall werden diese Domains aber nicht benachteiligt