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domain.de
domain.de/index.php

ist das gut wenn ich intern beide varianten intern mit einen keywort verlinke, oder soll ich mir nur auf eine art festlegen ?
Stichwort doppelcontent - könnte es da probleme geben, wenn ich beides nutze ?

Du solltest dich für eine Version entscheiden.
Um die Linkkraft nicht zu streuen und DC muss nicht sein