Ich glaub es hängt stark von der Art der Penalty ab, wie sich die Links auswirken. Hast du den Beitrag von Andi bei Mediadonis gelesen >
https://www.mediadonis.net/deep-thinkin ... p-linking/ ?
Da scheint es zum Beispiel an der Deep Link Ratio zu liegen, dass einige Seiten nicht so gut ranken - und zwar die ganze Domain betreffend. Es muss also gar nicht sein, dass die Links die während einer Penalty gesetzt werden "nix zählen", sondern dass du einfach "die falschen" Links gesetzt hast und die deswegen ihr volles Potenzial gar nicht entfalten können.
Je nachdem welche Möglichkeiten dir zur Verfügung stehen, könntest du mal eine Analyse des Backlinkprofils deine Konkurrenten machen (wo kommen die Links her (Foren, Blogs, Comments, ...), dofollow / nofollow, Deeplinks, Ankertexteverteilung, etc.)