Die Toolbar zeigt den PR der Seite (minus irgend einen Faktor) an. In Deinem Fall wird immer der PR4 der index.php zu Grunde gelegt. Daß das nicht der tatsächliche PR sein kann, wird spätestens dann klar, wenn man eine neue Seite aufruft und für diese sofort ein PR-Wert angezeigt wird.
mod_rewrite sollte hier unbedingt zum Einsatz kommen, da sich dadurch verschiedene Vorteile ergeben. Zu dem Thema findest Du hier in der Suche dutzende Beiträge.