Versuche mal, die solange von der Startseite aus zu verlinken, bis die Änderungen durch sind. Wenn das nichts bringt, lösche Die alten Artikel und stelle sie neu ein, damit sie neu indexiert werden können.
Grund ist wahrscheinlich der News-Charakter der Site: Was weiter hinten verlinkt ist, wird indexiert und erst mal abgehakt. Neue Artikel erscheinen und lassen die Links in tiefere Ebenen rutschen. Wichtig und aktuell ist nur das was neu hinzukommt.
Stell Dir ein Presseportal vor, bei dem sich die Titel der Artikel jeden Tag ändern. Sowas ist eingentlich eher unüblich bzw. abslolut nicht gern gesehen, denn jeder Artikel dort besitzt einen einmaligen Newscharakter. Pressemeldungen ändern sich nicht jeden Tag, sondern werden entweder so stehen gelassen oder mit einer neuen Meldung aktualisiert. Deswegen kann man bei den meisten Presseportalen nachträglich keine Änderungen vornehmen (der Pressecodex will das so).
Also an den Artikeln als solche oder an dessen Titeln habe ich nichts verändert. Es haben sich lediglich die Titel der Themenseiten geändert, unter welchen sich die einzelnen Artikel eingliedern. Und dieses Änderungen (Browser-Titel und neu eingebettete Texte am Anfang der jeweiligen Seiten) werden nicht erkannt.
Die Themen-Seiten befinden sich im 2. Unterpfad. Für die ersten Unterpfade - also die jeweiligen Anfangsbuchstaben für die Navigation zu den einzelnen Themenbereichen nach dem Alphabet sortiert - sind auf der Startseite verlinkt.
Liegen diese also womöglich zu tief?
Um zu testen, ob es hilft, würde auch eine genügen.
Zumindest solltest Du dann eine Sitemap basteln, die dann von der Startseite sowie von allen anderen Seiten verlinkt wird, damit Google weiß, dass es sich um eine wichtige Seite handelt. Oder alternativ eine XML-Sitemap bei den WMTs einreichen.