Es gibt einen ganz netten und recht aktuellen Grundlagenartikel von Johannes Beus:
Crawling und Indexierung umfangreicher Webseiten
Stichworte: Crawling- und Indexing-Budgets
Zusammengefasst und auf diesen Fall bezogen: wenn Google weniger seiten indiziert, dann wurde evtl. das Indexing-Budget (=Kontingent) herabgesetzt. Das kann dann natürlich viele Gründe haben. Es liegt vielleicht an zu geringem Trust oder Linkjuice bei zu vielen crawlbaren Seiten.
Shop_SEO könnte mit DC genau so richtig liegen. Oder es ist einfach Thin-Content (leere Kategorien z.B.).
Das muss übrigens nicht negativ sein: Wenn dennoch alle wichtigen Seiten im Index sind, dann könnte die Site sogar recht nah am Optimum sein. Dann baut man einfach die deindizierten Seiten ab (z.B. konsolidieren oder löschen) um so auch den letzten Tropfen Linkjuice zu den indizierten Seiten zu leiten. Aber um das zu wissen, muss man eine Inventur machen: welche Seiten sollen in den Index und welche sind tatsächlich drin...