von PHP generierte Seiten haben von alleine ohnehin keinen Last-Modified-Header, du brauchst also keine Angst haben.
Davon abgesehen habe ich ohnehin das Gefühl, dass Suchmaschinen den Last-Modified-Header zumindest bei PHP-Seiten ignorieren, zumindest habe ich bei Google-Anfragen noch nie einen Statuscode 304 (Not Modified) gesehen. (Obwohl ich seit Monaten korrekte Header sende.)