ich denke mal, Prozente sind da nicht so wichtig. Gerade bei dynamischen Seiten scheint es fast unmöglich zu sein, 100% wirklich unique (d.h. nicht als zusätzliches Ergebniss") indexiert zu bekommen. Und bei solchen Angaben weiß man auch nicht, wieviele Seiten schon aus dem Index draußen sind (nur noch URLs oder schon gar nix mehr) Und solange deine ersten 1-2 Ebenen nicht davon betroffen sind, sollte auch nix wirklich Wichtiges fehlen.
Wenn Du Dir die Seiten anschaust, die in den "zusätzlichen Ergebnissen" auftauchen: Sind da wichtige Seiten bei ... oder z.B. nur "abschließende Buchungstools" oder sowas?
Sind es Seiten, die als "Eintrittspforten" gebastelt sind und jetzt nicht als solche funktionieren?
Grundsätzlich muss ja nicht jede Seite einer Webpräsenz im Schwerpunkt für die SuMa da sein - es gibt genügend andere Gründe, bestimmte Informationen oder bestimmte Formen einer Präsentation zu wählen.
Prüfen kannst Du auch, ob es an "simplen" Ursachen liegt, wie z.b. immer der gleichen description/title im head. Das läßt sich leicht abstellen und schaden tuts auf keinen Fall.
Wenns denn dann ein DC Problem ist - sind es Seiten, auf denen Du Presseinformationen oder Anbieterbeschreibungen 1:1 übernommen hast kannst Du immer noch überlegen, ob du umschreiben willst oer die Seiten auch ohne die Suchmaschine wichtig für Deine Domain ist ... oder einfach egal

. Sind es wirkliche Doubletten (z.B. printversion, pdf-version), sind übewiegend "Zitate" von andere (eigenen) webseiten auf der Seite ... oder werden einfach keine besonderen Inhalte gefunden (z.B.leere Katalogseiten), die eine Einordnung als "richtiges Ergebnis" rechtfertigen könnten?