Den Eindruck hatte ich auch schon mal.
Ich hatte insbesondere mal URLs mit Tippfehler in einer XML-Sitemap, die ich bei G Webmastertools hochgeladen hatte, die er dann als 404er angezeigt hat.
Ich habe dann eine entsprechende html-Seite mit der Bezeichnung hochgeladen, damit G die Seite schnell wieder findet und gleichzeitig unter Webmastertools "URL entfernt". Erst wenn er da raus ist, habe ich dann auch die html-Seite entfernt. Ist natürlich nur bei einzelnen Seiten sinnvoll machbar.
Zum Teil habe ich aber Seiten im Index von G, die es zwar gibt, aber nicht in dem Verzeichnis, z.B.
www.domain.de/beispiel.html wird zu
www.domain.de/unterverzeichnis/beispiel.html
Und in diesem Unterverzeichnis findet G diese html-Seite dann letztendlich nicht und zeigt diese als 404er an. Kennt jemand das Problem und was man dagegen machen kann?