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Hallo Ronny,
Deine Startseite ist kein valides XHTML, du kannst die Seite mit validome.org testen. Vielleicht hilft das schon.

Ansonsten kannst du versuchen, die Tabelle mit der Navi in einen eigene Div-Container zu packen (und die Tabelle rauszuschmeißen).

Hallo

Sie liegt ja in einem Div-Container:

<div id="nav">
<ul class="page">
<li><a href="https://www.deutscher-index.info"><b>WEBKATALOG</b></a></li>
<li class="current"><a href="{$smarty.const.DOC_ROOT}/submit.php{if !empty ($category.ID) and $category.ID > 0}?c={$category.ID}{/if}"{if !empty ($category.ID) and $category.ID > 0} rel="nofollow"{/if}><b>WEBSEITE EINTRAGEN</b></a></li>
<li class="current"><a href="https://www.deutscher-index.info/wiki/"><b>
ARTIKELVERZEICHNIS</b></a></li>
<li class="current"><a href="https://www.deutscher-index.info/ferienobjekte/"><b>
FERIENOBJEKTE</b></a></li>
<li class="current"><a href="https://www.deutscher-index.info/en/"><b>
ENGLISH DIRECTORY</b></a></li>

</ul>
</div>

Ich habe gerade die Beta 2 runtergeladen, da ist der Fehler nicht mehr wie in der Beta 1.

Aber trotzdem habe ich mal noch eine Frage, warum bei Mozilla die Navileiste nicht die gleiche Höhe hat wie im IE. Bei Mozilla wird der blaue Hintergrund direkt unter und über der Schrift abgeschnitten und es entstaht dadurch ein zu großer Abstand zum darunterliegenden Teil.

Du kannst versuchen, ob es besser wird, wenn du im Stylesheet dem #nav eine feste Breite und Höhe (width, height) zuweist. Dann kannst du noch versuchen die Positionierung explizit anzugeben:
position: absolute;
und den Top-Abstand angeben. Vielleicht funktioniert das.