Ich hab das nu mal durchgespielt an meinem magento-testshop (Multishop mit unterschiedlichen Domainnamen pro Shop und mehreren Shop-views)
Soweit ich jetzt verstanden habe hast Du:
shop.de (wo alle Produkte gezeigt werden)
shop2.de (wo nur website 2 + storeview 2 und deren Artikel gezeigt werden)
shop3.de (wo nur website 3 + storeview 3 und deren Artikel gezeigt werden)
usw.
Tjo. Da haste Pech
Das wird google wohl nicht so toll finden, wenn unter 3 URLs und derselben IP dieselben Artikelbeschreibung zu finden sind.
Da mußte echt ins harte Brot beissen und 3 Artikel mit unterschiedlichen Texten, unterschiedlichen Artikelnummern - am besten unterschiedliche Produktbilder - erstellen.
Ist halt ne Menge Aufwand wg. den Texten, der WaWi, Artikelnummern und dem ganzen kaufmännischen Krams...
Aber ich seh da keinen gangbaren Weg sonst.
Aber um nochmal sicherzugehen: hat Du nur unterschiedliche Storeviews oder auch unterschiedliche Websites angelegt in Magento?