Viel hilft viel

Google mag Domains mit vielen Seiten im Index und ob diese es Wert sind dort zu erscheinen lass mal Googles Sache sein, wenn Google meint sie wären es nicht, dann werden sie auch aus dem Index verschwinden.
Die Sache mit der "Linkjuice" kann man so einfach auch nicht sagen. Natürlich solltest Du von wichtigen und starken Stellen der Webseite auch auf andere wichtige Stellen linken, also: Von der Startseite aus nur auf die Seiten linken die Du auch gut positioniert in den Serps sehen willst. Natürlich sollten diese dann auch von möglichst vielen anderen Unterseiten aus angelinkt werden. Und genau an dieser Stelle helfen Dir die vielen Seiten im Index mehr, als sie vielleicht in Punkto "Linkjuice-Verlust" schaden, wenn es das an dieser Stelle überhaupt gibt. Die interne Verlinkung ist auch ein Teil des Linkbuilding und Google sagt logischerweise: Je mehr interne eingehende Links eine Seite hat, desto wichtiger muss sie dem Betreiber dieser Domain ja sein.
Das sind zumindest meine Erfahrungen, je umfangreicher eine Webseite ist, desto besser fürs Ranking - zumindest wenn die interne Verlinkung stimmt.