Eine Abstrafung für Design Änderung kann ich mir nicht vorstellen. Tausende Seiten werden täglich vom Webmastern verändert, die noch nie was von Seo gehört habe. Wie sollte Google das bestrafen? Das macht keinen Sinn!
Sicherlich kann sich das Ranking ändern, weil die Seite nun ja anders aufgebaut ist. Damit sollte man rechnen.
Bei uns haben sich in den letzten Monaten zwei Hauptprojekte (je ca. 40-60k Seiten im Index) stark verändert, d.h. jeweils komplett neues Design, komplett andere Texte (auch title) und komplett andere Links (mit 301 weiterleitung).
Anfangs fand es Google nicht gut und es wurden immer weniger Seiten. Teilweise waren nur 15k im Index. Nach 3 Monaten wurden es aber immer wieder mehr und inzwischen sind alle wieder drinnen und werden soweit gut gerankt.
Wenn du dir unsicher bist, kannste ja einen zweiten Shop anlegen
