Mit Symlinks (symbolischer Link, Softlink) arbeiten. Aber da wirst Du bei Strato Probleme bekommen, wei die das standardmäßig abgeschaltet haben und auch auf Nachfrage nicht aktivieren werden. Es sei denn, Du nimmst bei denen einen Server. Oder hast Du den vielleicht gar schon?
Besser wäre auf jeden Fall, das ganze Konzept neu aufzustellen und zu organisieren. So wie sich das alles liest, läuft das früher oder später auf größere Probleme hinaus, die sich dann nicht mehr so leicht lösen lassen, ohne woanders anzuecken.
Das sind aber alles Hausaufgaben für den Webmaster, denn ein "echter Profi" möchte in der Regel auch was für seine Leistungen sehen.
Greetz