Probier es doch einfach aus. Ich mache hin und wieder auch Tests und palziere die Werbung einfach mal anders. Mal total auffällig mal im Text eingebettet.
Bei längeren textlastigen Artikeln stelle ich es als Skyscraper direkt in den Text, lasse diesen also den Skyscraper umfließen. Dabei das Design möglichst dezent an das restliche Design angepasst.
Bei Foren und anderen Elementen, bei denen nicht so lange gelesen wird, gestalte ich es farblich abgesetzt, also auffälliger ohne daß es den Besucher gleich "anschreit".
So fahre ich nach einigen Tests sehr gut und habe das jetzt seit 6 Monaten so bei zunehmenden Kickraten.
Aber wie Jojo schon sagte: Jede Seite hat ihre Besucher und man wird nur mit Tests (geht mit Channeln eigentlich sehr gut) den besten Weg finden.
Also ich bin gerade selber am Suchen des besten Layouts und meiner Meinung nach hilft da nur Ausprobieren.
Und da gehe ich folgendermaßen vor (vielleicht hilft die dir Vorgehensweise):
Nach jeweils 3.000-5.000 Pageviews (ab dieser Anzahl hat man meiner Meinung nach ein repräsentatives Ergebnis) ändere ich das Anzeigenlayout. Mal mehr Anzeigenblöcke, mal weniger, mal andere Position,...
Ich habe heute erst wieder festgestellt, das ich bei nur 2 Anzeigen (kleines Banner) eine signifikant höhere Klickrate habe, als bei 3 oder 4 Anzeigen in zwei Blöcken.