zu1: eingebunden richtig.
zu 2 und dem Rest:
Der Canonical wird von Google offenbar schon seit einiger Zeit nicht mehr benutzt wie er ursprünglich gedacht war, da die DC Erkennung von Google wohl wesentlich besser gewordern ist. Scheinbar vertraut Google seinen eigenen Methoden mehr.
In deinem Szenario, wir Google das als DC werten, trotz Canonical.
Canonical funktioniert, sofern richtig eingesetzt, schon ganz gut.
Google behält sich nur vor, die Seite anders zu interpretieren. Oft jedoch nur, damit man sich nicht selbst die Seite mit falschen Canonicals zerschießt.
Ich würde per 301 alles auf das Hauptprojekt mit www. umleiten.
Warum setzt Du auf der Startseite ein Canonical auf die index.php? Das würde ich wenn dann auf die Startseite ohne Paramenter leiten, denn schließlich soll die URL sauber in den Ergebnissen auftauchen. Das könnte so ein Beispiel sein, welches von Google ignoriert wird, denn diese Darstellung wollen sie nicht.
Danke für eure Hilfe!
Auf der Startseite habe ich den Canonical entfernt.
Leider leidet 1und1 nur per 302 um, habe jetzt das ganze mit einer .htaccess Datei gemacht.