Wenn man zwei unterschiedl. Domains bzw. eine Subdomain fährt, hat man zwei Google „Instanzen“ => m.E. mehr Aufwand…
Wie hat man langfristig am meisten Serp-Traffic-Potential?
Würde die erste Variante nehmen. Du hast zwar mehr Aufwand, für Google ist es aber einfacher und du kannst beide Projekte unabhängig voneinander betreuen.
Bei Variante drei kann es dir passieren, daß bei einem Absturz dann ALLES weg ist. Bei Variante eins wäre dann ggf. nur eine Domain abgestürzt.