Für deine persönliche Übersicht ist es sicherlich gut und google hat mit so etwas auch kein Problem. Du kannst so z.B. alle Seiten, die nicht gespidert werden sollen in einen Ordner zusammenfassen und über die Robots.txt entsprechend sperren.
Eine tiefe Dateistruktur bringt nicht nur Ordnung ins Projekt, man kann auch Keywords darin verstecken. Vielleicht machts auch auf die Suchmaschinen einen größeren und umfangreicheren Eindruck als ein einziger Ordner für die gesamte Site.
sinnvoll ist so eine strukturierung mit verzeichnissen doch aber schon, wenn man nicht nur den dateinamen, sondern zusätzlich das verzeichnis mit einem weiteren keyword versieht.
Nicht unbedingt. Ich denke viele schauen wirklich nicht auf die URL, aber manche, vor allem wenn sie sich verirrt haben schauen schon bei der URL nach, wo sie sich befinden.
Es ist eine zusätzliche Hilfe, die vielleicht nicht allen etwas bringt, aber tut dir nicht weh.
Also ist eine schöne ordentliche Struktur (solange sie nicht zuuu tief ist) sicher eine gute Sache.