Startseite nur mit URL im Index

Hallo !
Ich kann seit zwei Nächten nicht mehr schlafen. Bei meinem Projekt sind seit Jahren ca. 9000 Seiten im Index. Nie Probleme gehabt. Seit 3 Tagen ist die Startseite in den SERPs verschwunden. Die einzige Möglichkeit, einen Ergebnis der Startseite zu finden ist die Eingabe von 'www.domain.de/'. Doch dann steht nur 'domain.de/' als Link da, ohne weitere Info.
(Die Startseite hat einen PR5, kein cloaking, und sonst auch alles sauber, zahlreiche Backlinks vorhanden). Alle anderen Seiten stehen weiterhin mit guten Positionen in den SERPs.

Hat jemand Erfahrung, was das bedeuten kann?

Ergänzung:
Wie ich sehe, ist die Startseite wohl zweimal in den SERPS vorhanden:
www.do*main.de/
www.do*main.de/index.php

Ich dachte immer, Google sieht keinen Unterschied, ob "www.do*main.de/index.php" oder nur "www.do*main.de/".

Ist es evtl. sinnvoll, für die /index.php (die ist noch in den SERPs, auch PR5) eine 301 Weiterleitung auf www.ddd.de/ zu setzen ?