also bei mir ist es genau so:
"domaina" hat den ordner "ordnera" - in dem ordnera liegt die index datei der domaina
"domainb" hat den ordner "ordnerb" - auch hier liegt die index datei im ordnerb
"domainc" hat ebenfals "ordnerc" - index ist natürlich in "ornderc"
bei mir ist es außerdem so, dass ich jeder domain ein eigenes passwort für das einloggen per ftp anlegen kann. das mach ich auch.
ich muss immer ein paar stunden warten, nachdem ich die ordner angelegt habe, da ich ansonsten nicht per ftp zur richtigen domain bzw. dem richtigen ordner gelange. wenn ich zu früh einlogge, dann kann es sein, dass ich in einem übergeordneten ordner bzw. in einer übergeordneten ebene bin. wenn ich dann die dateien reinkopiere, haben alle domains den gleichen inhalt.
bei meinem webhost muss ich außerdem für
www.domainxy.at und (ohne www) domainxy.at einen eigenen webspace zuordnen. dann hab ich die selben order wie oben auch für die domain ohne www angelegt. die domain ohne www leite ich aber mittels mod_rewrite um, damit's nicht zu doppelten inhalt kommt.
hoffe, es klappt!