Und da wollte ich fragen ob das irgendwie möglich ist, dass die Einträge einerseits über PHP in einer Datenbank gespeichert und andererseits von Suchmaschinen gespidert werden können.
Wo ist das Problem? Die Suchmaschinen spidern das was du ihnen ausgibst. Wenn du auf einer Seite linkliste.php die Firmen aus der Datenbank ausliest werden die Suchmaschinen diese Seite so wie du sie auch dem Surfer anzeigst spidern.
Eben - versuche, auf jeder Seite so viel wie möglich mit einem Klick erreichbar zu machen (natürlich nicht übertreiben...) und dann so, dass der User alles mit max. 3-4 Klicks findet. Dann klappts auch mit den Sumas.