Ich würde meinen der(die) Ordner zu nutzen ist dann sinnvoll, wenn Du bestimmte Unterbereiche (Unterthemen) für die eigene Ordnung und für die bessere "Zuweisung" bei den Suchmaschinen haben möchtest. Wobei das Zweite etwas schwieriger zu realisieren ist und bedarf etwas mehr Arbeitsaufwand.
Andere sinnvolle Möglichkeit wäre bspw. für eine Domain mit mehren Sprachen.
Der Ordner würde ich themenbezogen nennen, am Besten - Name des Unterthemas.
Als grober Beispiel:
betriebssysteme.de/linux/sicherheit.html Wobei "Linux" ein großes Unterthema der Domain Betriebssysteme ist. (nur ein Beispiel)