Vom Prinzip her ist es egal, wie du verlinkst, es sollte aber konsequent erfolgen!
Ich würde zu Ordnern raten, schon allein deshalb, weil von extern ja wahrscheinlich auch nur der Root deiner Domain verlinkt wird, und du deshalb intern auch immer nur auf den Root, also "/", verlinken solltest und nicht auf die Index. Kosmetisch gesehen, ist's auch schicker.
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