Puh, ein Haufen Fragen hast Du da. Mal sehen:
1.) Meines Wissens ist es kein Nachteil, Unterverzeichnisse zu haben. Entscheidend ist, über wieviel Links eine Seite von der Startseite entfernt ist (Faustregel: Jede Seite einer Site sollte mit maximal zwei Klicks erreichbar sein).
2.) CSS schadet nicht, allerdings könntest Du ihn in eine eigene Datei auslagern, um den Quelltext kleiner zu halten. Der Code bei Dir sorgt nur für dass Links schwarz und nicht blau sind, beziehungsweise beim Überfahren mit der Maus rot werden.
3.) Der Intervall ist unregelmässig. Meisst wird der PR alle 2-4 Wochen aktualisiert.
4.) Text-Links scheinen effektiver zu sein.
5.) Nein, definitiv irrelevant.
6.) Das hängt nur davon ab, welche Seiten Dich verlinken. Mit den richtigen Links könntest Du einen 7er PR auch in wenigen Wochen haben (viel Spass bei dem Versuch

)
Gruss,
Thomas