Gut. Meine Feststellung auf die Ausgangsfrage hatte ich oben geschrieben: Google ordnet dem"CH" den Begriff "Chemie" überhaupt nicht zu (einfach mal suchen). Man hätte also auch "EMIE" oder "IE" oder "Quark" schreiben können.
Fürs unterschiedliche Ranking aber etwas genauer:
Der Content! der Seite beschäftigt sich, wenn auch im Frameset, mit dem Begriff "Chemie" - wird also berechtigt zu diesem Begriff in beiden Ländern gelistet. Theoretisch könnte bei der Vielzahl übereinstimmender Ranking-Faktoren (weltweit) in beiden Ländern eine gleiche Positionierung erreicht werden.
Praktisch kommt aber immer ein weiterer Faktor hinzu: der (unberechenbare, statistisch aber erfasste) Besucher, sein Verhalten (Verweildauer, woher, wohin usw.).
Und hier ist es offensichtlich so, dass der Eidgenosse in der Relation öfter auf die Uni München zugreift (ihre Bedeutung als markante und nahegelegene Bildungseinrichtung, aber auch durch weniger Hochschuleinrichtungen usw. -Mitbewerber- in CH).
Dadurch ist unterm Strich eine höhere Wertung aus CH-Sicht doch gerechtfertigt. Oder?
Aus deutscher (besonders auch Hamburger, Berliner, Kölner usw.) Sicht dagegen liegt München in Bayern

, oft also sehr weit weg ... Es gibt deshalb auch völlig andere und viel mehr wirkliche Mitbewerber in Sachen Chemie. Deshalb ist eine andere Platzierung regelmäßig möglich.
So seh ichs, auch wenn andere dort die Flöhe husten hören (wollen). Und nur zum Verständnis, da die Frage selbst schon berechtigt war: mit dem "CH" in der Subdomain hats aber überhaupt nichts am Hut.