Meiner Meinung nach sind Subdomains technisch ein eigenständiger Bereich, Stichwort .htaccess, Verzeichnisstruktur usf.
Vergessen darf man auch nicht, daß nicht jeder eine Subdomain einrichten kann. Die Hürde, Subdomains einrichten zu können und dürfen ist größer, als ein Unterverzeichnis zu erstellen, da man Hoheitsgewalt über Domain und System (Admin) haben muß, DNS-Eintrag usf.
Mögen auch Einsteiger-Hosting-Pakete ein paar Subdomains zulassen, so ändert das nichts an der Tatsache, daß den wenigen Subdomains unendlich viele Unterverzeichnisse gegenübergestellt werden können, die auch keinen separaten DNS-Eintrag benötigen. Autonom ist man erst als (Server-) Admin – und das ist nicht jeder.
Daß Google selbst Domain-Registrar ist, unterstreicht die Bedeutung von (Sub-) Domains.
Ich denke, daß das Beispiel der auf Wordpress.com gehosteten Blogs diesen Zusammenhang recht gut verdeutlicht.
Es macht einen Unterschied, ob ein Blog auf geilesubdomain001.tollerwordpresshoster.com/blog/ zu finden ist, oder aber auf geilesubdomain002.tollerwordpresshoster.com/blog/
PR auf dem einen Blog kann man nicht so einfach auf andere übertragen, zumal mit steigender Anzahl an Subdomain-Blogs.
Gleichwohl bin ich der Überzeugung, daß sich die einzelnen Subdomain-Blogs inhaltlich deutlich voneinander unterscheiden müssen und nicht nur als Redirects dienen dürfen (vgl. eBay), damit Google sie auch als autonome URL ernstnimmt.
Subdomain-URLs kann Google auch als Ganzes ins Index-Nirva jagen (ehemals Supplement Index), während das bei Unterverzeichnissen nicht unbedingt der Fall ist. Hier ist Google nachgiebiger (…/blog1/; …/blog2/) ausweislich meiner Erfahrungen.