Über die Api geht das meines Wissens nicht. Ist auch dokumentiert, dass max. die 1000 gehen:
https://developer.yahoo.com/search/site ... kData.html
Was man machen kann um mehr als 1000 zu bekommen, entire_site auf default lassen, dann bekommt man alle Links für die Startseite (max. 1000), dann schickt man nochmals für jede Unterseite einen Api Request los. So bekommt man wenigsten ein paar mehr, wirklich praktisch ist das aber nicht. Und vor allem erreicht man schnell das Api call limit bei umfangreichen Seiten.
Ohne Api kann man mehr rausholen, wenn man die Suchabfragen entsprechend gestaltet und Backlinks von Domains die bereits ausgelesen sind, bei weiteren Suchabfragen ausschließt. Die Ergebnisse muss man allerdings alle selber parsen, und auch hier gibt es diverse Nicklichkeiten bei Abfragen der Backlinkergebnisse.
Eine wirklich zufriedenstellende Lösung hab ich bisher noch nicht gefunden.