Zum einen ist es natürlich schonmal ne gute Idee, Debug Infos nicht an "jeden" rauszugeben. Zum einen könnte es User verwirren, zum anderen muss man es ja auch nicht jedem zeigen, dass/wie man gerade frickelt.
Da kann man z.B. nach dem IP Block gehen, von dem man kommt, Cookie oder speziellem Useragent.
Die nächste Frage ist: Wie möchte ich den Output denn tatsächlich haben. Als HTML Kommentar ist schon nicht übel, da kann man nämlich auch mal mehr anzeigen.
Am praktischsten finde ich persönlich jedoch noch eine Logdatei oder HTTP Header. Bei beidem kann man an jeder Stelle im Programm verschiedene Daten ausgeben (auch welche Query war denn nun wirklich wie lang) und nicht nur aggregierte Daten, dazu kann man auch bei anderen Ausgabetypen als HTML (z.B. PDF oder generietes Bild) Debug Infos "ausgeben".
Zum Entwickeln und Debuggen lohnt sich vielleicht auch ein Blick auf Firebug und Firephp:
https://www.firephp.org/