Also ich persönlich habe noch keine Nachteile feststellen können. Das Problem liegt aus meiner Sicht eher in der Akzeptanz der User. Das seriöse empfinden scheint niedriger zu sein. Daher erscheint es mir als sinnvoll .eu Domains nicht für Shops etc. zu verwenden.
Auch ich konnte noch keine Nachteile bzgl. des Rankings feststellen. Einen Nachteil haben die EUs im Moment: Der User ruft im Zweifelsfall Domain.de oder Domain.com auf.