Lösung
Für alle die jemals ein ähnliches Problem haben, bei denen also der Shop auf einer verlinkten Subdomain liegt.
Es gibt Möglichkeiten über Adwords auch eine Subdomain einzustellen und die verschiedenen Links per Filter wieder auseinander zu puzzeln. Mir persönlich war das viel zu kompliziert.
Im Endeffekt habe ich es genau so gemacht wie oben beschrieben. Die Startseite der Subdomain hat einen kleinen einzigartigen Anhang bekommen.
Und schon war das Thema beendet. Heißt wer auf
https://booking.meistereck.com klickt - landet auf ...meistereck.com/start
/start kann man wieder als Zielpfad im Trichter von Analytics angeben und fertig.