dein problem ist einfach, dass domain.de und www.domain.de bei dir nen staus code 200 (OK - erreichbar) geben, du also serverseitig nicht klarstellst, ob deine Inhalte unter domain.de oder der subdomain www. liegen... sch... auf irgendwelche tool einstellungen. mach nur eine variante erreichbar (301 rewrite) und dann haste da keine probleme mehr...
Bei mir zeigen die Webmastertools ebenfalls doppelte identische URLs mit verschiedener Anzahl eingehender Links an. Die Domäne wird seit dem ersten Tag per htaccess auf www weitergeleitet und ist kerngesund.