ich würde keine von beiden nehmen!
Wenn es geht, verlinke/nutze immer das Root-Verzeichnis.
Beispiel:
http://www.testdomain.tld/
http://www.testdomain.tld/index.htm
http://www.testdomain.tld/index.html
http://www.testdomain.tld/index.php
sind alles unterschiedliche Adressen für die Sumas. Dazu kommen noch anstelle der "index" die "home" und "start". Ich finde auf die schnelle keinen passenden Link, aber du die "/" aufrufst, sucht der Server nach einer dieser Dateien. Dabei gibt es eine bestimmte Reihenfolge.
Wenn Du nun von "aussen" auf die Startseite verlinkst, wird das i.d.R. doch nur mit dem "/" geschehen. Nicht mit /index.php oder /index.html. Wenn Du aber nun intern zur Startseite mit "/index.html" verlinkst, sorgst Du dafür, dass die Sumas zwei Seite mit absolut identischem Inhalt indizieren. Daher besser immer nur beim Verlinken mit "/" arbeiten. Dann weis Google auch gar nicht, ob Du nun .htm(l) oder .php verwendest.

Meine Erfahrungen mit dem Standard - Joomla sind da übrigens katastrophal. Da gibt es für ein und die selbe Seite u. U. zig verschiedene URLs.
Ciao,
Mike